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三種CRISPR/Cas9基因敲除變異檢測方法的比較分析

作者:唐國盤; 黃安群; 孫志鵬; 匡友誼; 王勝杰; 王大偉 中國水產科學研究院黑龍江水產研究所; 哈爾濱150070; 河南牧業(yè)經濟學院動物科技學院; 鄭州450046; 華中農業(yè)大學水產學院; 武漢430070

摘要:比較三種常用的CRISPR/Cas9基因敲除檢測變異方法,從準確性、耗時、成本和應用限制等方面進行評估。采用T7核酸內切酶I、限制性內切酶和非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳法分別對利用CRISPR/Cas9方法敲除的fibinb和ngs基因的50尾斑馬魚(Daniorerio)突變純合個體和突變雜合個體進行檢測,用野生型個體作對照;同時用非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳對CRISPR/Cas9方法敲除的ogn和ddb1基因的突變雜合個體進行了檢測。結果表明:三種方法均能夠區(qū)分突變雜合個體,其中T7核酸內切酶I檢測法耗時最短,但該方法不能用于鑒定突變純合個體;限制性內切酶檢測法能夠用于鑒定純合個體,但需要有特異性的識別位點;非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳法能夠區(qū)分純合和雜合個體,對序列無依賴性,能夠檢測出序列中存在的所有變異。成本上,非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳法最經濟;限制性內切酶的價格存在較大的差異,因此檢測成本依賴于酶的價格。三種檢測方法各有優(yōu)缺點,在應用實踐中可根據試驗需要選擇合適的方法。

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淡水漁業(yè)雜志

淡水漁業(yè)雜志, 雙月刊,本刊重視學術導向,堅持科學性、學術性、先進性、創(chuàng)新性,刊載內容涉及的欄目:基礎研究、應用研究、生產試驗、綜述。等。于1971年經新聞總署批準的正規(guī)刊物。

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