應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組和外顯子組測序分析不同年齡組的膠質(zhì)母細胞瘤中基因表達與突變的差異
作者：王志剛; 劉偉 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所醫(yī)學(xué)生物工程學(xué)系; 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所人體解剖學(xué)與組織學(xué)胚胎學(xué)系; 北京100005
摘要：目的探討通過轉(zhuǎn)錄組和外顯子組測序分析不同年齡組的膠質(zhì)母細胞瘤的差異。方法多形性膠質(zhì)母細胞瘤(GBM)數(shù)據(jù)下載自TCGA項目。將樣本分為2組,不高于60歲的樣本為中低年齡組,共78例;高于60歲的樣本為高年齡組,共76例。使用R語言DESeq2軟件包對RNA-seq原始基因水平的reads數(shù)目數(shù)據(jù)進行差異表達分析。使用Cytoscape插件Clue GO進行不同年齡組別差異表達基因功能富集分析。結(jié)果 GBM致病基因在兩組之間大部分基因表達趨勢一致,但存在差異基因。在中低齡組中差異基因主要和神經(jīng)前體細胞增殖相關(guān),而高年齡組偏重于代謝方面。在兩組中高突變的基因有很多重疊。樣本突變率不同的基因主要為中低年齡組特有,且具有高樣本突變率的基因。結(jié)論中低年齡組和高齡組GBM患者在基因表達和基因突變上存在明顯差異。
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