基于基因共表達權(quán)重網(wǎng)絡(luò)分析乳腺癌亞型關(guān)鍵lncRNA
摘要：目的通過基因共表達權(quán)重網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)探討長鏈非編碼RNA(lncRNA)與乳腺癌的不同亞型性狀及發(fā)病機制的關(guān)系。方法收集GEO數(shù)據(jù)庫50個樣本中不同乳腺癌亞型的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),以14 032個lncRNA的表達模式為基礎(chǔ),用WGCNA分析共表達的lncRNA構(gòu)建聚類模塊,并與乳腺癌亞型進行相關(guān)性分析。同時將各模塊中關(guān)鍵lncRNA與18 904個蛋白編碼基因做相關(guān)性分析,隨后通路富集分析研究其功能。結(jié)果共檢測到15個lncRNA模塊,其中9個模塊與乳腺癌的各亞型高度相關(guān)。預(yù)測到的關(guān)鍵lncRNA基因ADARB2-AS1,已有驗證與乳腺癌HER2陽性亞型高度相關(guān)。通過聯(lián)系基因表達矩陣,獲得由關(guān)鍵lncRNA和mRNA構(gòu)成的乳腺癌基因調(diào)控核心網(wǎng)絡(luò);被調(diào)控的基因富集于93個GO功能注釋上。結(jié)論利用WGCNA方法,通過計算不同組織中的基因表達矩陣,鑒定有生物學意義的基因模塊,可進一步驗證lncRNA與乳腺癌的亞型特異性有關(guān),有助于揭示乳腺癌相關(guān)受體以及各亞型產(chǎn)生的遺傳機制。
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