基于基因共表達(dá)權(quán)重網(wǎng)絡(luò)分析乳腺癌亞型關(guān)鍵lncRNA
摘要：目的通過基因共表達(dá)權(quán)重網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)探討長鏈非編碼RNA(lncRNA)與乳腺癌的不同亞型性狀及發(fā)病機(jī)制的關(guān)系。方法收集GEO數(shù)據(jù)庫50個(gè)樣本中不同乳腺癌亞型的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),以14 032個(gè)lncRNA的表達(dá)模式為基礎(chǔ),用WGCNA分析共表達(dá)的lncRNA構(gòu)建聚類模塊,并與乳腺癌亞型進(jìn)行相關(guān)性分析。同時(shí)將各模塊中關(guān)鍵lncRNA與18 904個(gè)蛋白編碼基因做相關(guān)性分析,隨后通路富集分析研究其功能。結(jié)果共檢測到15個(gè)lncRNA模塊,其中9個(gè)模塊與乳腺癌的各亞型高度相關(guān)。預(yù)測到的關(guān)鍵lncRNA基因ADARB2-AS1,已有驗(yàn)證與乳腺癌HER2陽性亞型高度相關(guān)。通過聯(lián)系基因表達(dá)矩陣,獲得由關(guān)鍵lncRNA和mRNA構(gòu)成的乳腺癌基因調(diào)控核心網(wǎng)絡(luò);被調(diào)控的基因富集于93個(gè)GO功能注釋上。結(jié)論利用WGCNA方法,通過計(jì)算不同組織中的基因表達(dá)矩陣,鑒定有生物學(xué)意義的基因模塊,可進(jìn)一步驗(yàn)證lncRNA與乳腺癌的亞型特異性有關(guān),有助于揭示乳腺癌相關(guān)受體以及各亞型產(chǎn)生的遺傳機(jī)制。
注：因版權(quán)方要求，不能公開全文，如需全文，請(qǐng)咨詢雜志社。
江蘇醫(yī)藥雜志
江蘇醫(yī)藥雜志， 半月刊，本刊重視學(xué)術(shù)導(dǎo)向，堅(jiān)持科學(xué)性、學(xué)術(shù)性、先進(jìn)性、創(chuàng)新性，刊載內(nèi)容涉及的欄目：論著、實(shí)驗(yàn)研究、臨床研究、綜述、短篇論著、經(jīng)驗(yàn)交流、讀者作者編者等。于1975年經(jīng)新聞總署批準(zhǔn)的正規(guī)刊物。
- 統(tǒng)計(jì)源期刊
- 1-3個(gè)月審核
