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蛋白質(zhì)殘基接觸圖預(yù)測(cè)

作者:於東軍; 李陽 南京理工大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)與工程學(xué)院; 江蘇南京210094

摘要:蛋白質(zhì)是由多個(gè)氨基酸組成的長(zhǎng)鏈,是生物體的必要組成成分,參與了生命活動(dòng)的每一個(gè)進(jìn)程。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)決定了許多蛋白質(zhì)的功能,準(zhǔn)確預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)中氨基酸殘基接觸對(duì)于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)具有重要意義,蛋白質(zhì)殘基接觸問題已經(jīng)成為當(dāng)前生物信息領(lǐng)域的熱點(diǎn)問題。該文首先給出了蛋白質(zhì)殘基接觸圖預(yù)測(cè)的相關(guān)背景知識(shí)及其重要意義;其次,總結(jié)了當(dāng)前國內(nèi)外研究的主流方法,包括基于局部相關(guān)性的方法、直接麵合分析法與其后處理的方法、以及基于有監(jiān)督機(jī)器學(xué)習(xí)的方法,并對(duì)其中的代表性方法進(jìn)行了闡述;結(jié)合國際蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)競(jìng)賽(Criticalassessment of protein structure prediction,CASP)的結(jié)果對(duì)現(xiàn)有模型的性能做了對(duì)比和分析;在此基礎(chǔ)上,探討了殘基接觸圖預(yù)測(cè)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能建模中的應(yīng)用;最后,針對(duì)蛋白質(zhì)接觸圖預(yù)測(cè)中存在的若干難點(diǎn)問題,給出了有望取得突破的若干研究方向。

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南京理工大學(xué)學(xué)報(bào)

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