結直腸癌組織表達譜芯片的生物信息學分析
作者：何佳; 管忠安; 潘力 武漢市第八醫(yī)院痔二科; 湖北武漢430010; 山東中醫(yī)藥大學附屬醫(yī)院肛腸科; 山東濟南250014
摘要：目的:探究結直腸癌發(fā)生發(fā)展的分子機制,并尋找結直腸癌早期診斷及預后的生物標志物。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫中選取結直腸癌表達譜芯片,利用R語言中l(wèi)imma函數(shù)進行差異表達分析,獲取差異表達基因,使用DAVID6.7將差異表達基因進行KEGG信號通路分析,使用GEPIA在線工具查看差異基因在TCGA-COAD樣本中的表達并繪制Kaplan-Meier生存曲線(OS)。結果:在3個表達譜芯片的差異表達分析結果中,有148個相同基因,提示這些基因與結直腸癌的發(fā)生發(fā)展具有密切關系,KEGG信號通路分析顯示,結直腸癌組織相比正常組織在氮代謝、醛固酮調(diào)節(jié)鈉重吸收等信號通路有較為顯著的改變,GEPIA在線工具分析顯示SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1這4個基因在TCGA-COAD中均為高表達,且SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1分別高表達的結腸癌患者生存時間相較于低表達的結腸癌患者明顯縮短。結論:氮代謝、醛固酮調(diào)節(jié)鈉重吸收等信號通路的改變是結直腸癌發(fā)生發(fā)展的重要分子機制,SLCO4A1、FAP、SULF1、COL1A1等基因可作為結直腸癌患者預后評估的標志物。
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中國現(xiàn)代普通外科進展雜志
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